Depois de encerrar a sua ligação ao Benfica, onde esteve durante 18 épocas, Domingues assinou um contrato válido por quatro temporadas, até junho de 2029. Esta contratação é uma das principais apostas do Moreirense para o novo projeto liderado pelo Black Knight Football Club.
Nas últimas três temporadas, Francisco Domingues foi capitão da equipa B do Benfica, tendo antes passado pela equipa sub-23 dos encarnados, onde desenvolveu o seu percurso.