Rafael Santos chegou ao Moreirense na temporada passada proveniente do Flamengo, do Brasil. Ao serviço do clube axadrezado, o jogador realizou 19 partidas e registou um golo. Na presente temporada, só foi utilizado numa partida. O defesa também já atuou pelo APOEL, do Chipre, por empréstimo do clube brasileiro.

Sem espaço na equipa orientada por Rui Borges, Rafael Santos viajou para os Açores para fazer parte do Santa Clara, juntando-se a Luís Rocha e David Bruno, seus companheiros de equipa na época transata. O defesa central brasileiro assinou contrato com o clube insular até junho de 2026.